Dostupné technologie

Pracoviště 1. LF a 2. LF UK Praha

Příprava vzorků a laboratorní automatizace

• Ultrasonikátor Covaris E220
• Pipetovací robot Tecan Freedom EVO® 150

Sekvenační technologie NGS

• AVITI24 NextGen Multiomics platforma
• Illumina NovaSeq X 
• Oxford Nanopore PromethION 2 Solo
• Oxford Nanopore MinION
• Kapilární sekvenátory ABI 3500xL

Sekvenační služby NCMG

• Přehled dostupných sekvenačních technologií (NovaSeq X Plus, AVITI24, aj.), aplikací a technických parametrů naleznete v přiložené prezentaci – odkaz zde:

PCR technologie

• CFX96 Touch Real-Time PCR BioRad
• Applied Biosystems 7900HT Fast Real-Time PCR System
• Thermal cycler BioRad C1000, T100

Podpůrná infrastruktura a expertiza

• Příslušné vybavení a expertizu pro přípravu vzorků a analýzu dat
• Datová a výpočetní infrastruktura
• Přístrojoví specialisté a bioinformatici k dispozici pro provoz infrastruktury a analýzu dat

 

 

CEITEC MU Brno

• Masivně paralelní sekvenátory (Illumina, MGI)
• Nanopore sekvenátory (Oxford Nanopore MinION a PromethION)
• Real-time qPCR a digitální PCR (Life Technologies QuantStudio 12k, Life Technologies BioRad QX200, Roche LC480)
• Sytém pro single-cell analýzy (10X Chromium)
• Pipetovací a izolační automaty (TECAN FreedomEvo, Opentrons OT-2, RBC MagCore)
• Redundantní úložiště dat a výpočetní servery (ve spolupráci s eINFRA a ELIXIR-CZ)
• Průtokový cytometr a sorter (BD, ve spolupráci s EATRIS-CZ)

Odkaz na vybavení: https://cfg.ceitec.cz/equipment/

Ústav lékařské genetiky Lékařské fakulty v Plzni Univerzity Karlovy v Praze a Fakultní nemocnice Plzeň

• Opentrons OT-2 pipetovací robot
• QIAGEN QIAxcel automatický kapilárový elektroforetický přístroj
• Masivně paralelní sekvenátory (Life Technologies IonTorrent, Illumina MiSeq)
• Kapilární sekvenátory (Life Technologies)
• Real-time qPCR (Corbett Research, Qiagen)
• Invitrogen Qubit Flex fluorometer
• Fluorescenční mikroskopy (Olympus)
• Úložiště dat a výpočetní servery
• Systémy pro amplifikaci DNA/RNA

Biomedicínské centrum Lékařské fakulty v Plzni

• Long-read sekvenátor PacBio Vega
• Zařízení pro práci s DNA čipy (Agilent)

Ústav molekulární a translační medicíny LF UP v Olomouci

• Masivně paralelní sekvenátory (Illumina MiSeq a Illumina HiSeq, Qiagen PyroMark Q96, Roche GS Junior, Sequenom)
• Systémy pro automatickou přípravu sekvenačních knihoven (Illumina Neoprep)
• Robotický systém pro izolaci nukleových kyselin (Roche Magna Pure 96, MagCore)
• Systém pro microarrays (Affymetrix)
• Real-time qPCR (Roche LC 480, LC 1536, Cobas 4800, Eppendorf, BioRad CFX96)
• Úložiště dat a výpočetní servery
• Průtokový cytometr a sorter (BD FACS Aria Fusion II)
• Fluorescenční mikroskopy (Olympus BX60)
• Laserová mikrodisekce